Клубная
Хейтинга — воспитанник футбольной академии «Аякса». В первой команде он дебютировал 26 августа 2001 года в матче против «Фейеноорда». Вскоре он стал регулярно играть в основном составе команды под руководством Ко Адриансе, а затем и Рональда Кумана, пока не получил тяжёлую травму и выбыл на шесть месяцев. После выздоровления он успел сыграть лишь одну игру и получил новую травму, после которой вновь долго восстанавливался. Второе выздоровление Джона пришлось на начало сезона 2003/04. В первой же игре против «Волендама» он продемонстрировал впечатляющий футбол и до конца сезона был основным центральным защитником клуба.
В сезоне 2004/05 в игре за клуб у Хейтинги случился значительный спад, что ещё больше усугублялось плохими результатами команды и сменой тренеров. К концу 2005 года Джону удалось вновь стать одним из лидеров «Аякса». Всего за амстердамский клуб Джон выступал на протяжении 7 сезонов. За это время он провёл более 200 матчей за клуб во всех турнирах, после чего летом 2008 года перешёл в «Атлетико Мадрид».
В дебютном сезоне Хейтинга сыграл за «матрасников» 34 матча и забил 3 гола. В начале следующего сезона сыграл за мадридскую команду ещё 4 игры, после чего перешёл в английский клуб «Эвертон», подписав контракт на 5 лет. Сумма трансфера составила 7,5 миллонов евро.
Дебютировал в «Эвертоне» 13 сентября в игре против «Фулхэма», а всего в сезоне 2009/10 провёл за клуб 35 игр. В сезоне 2010/11 Хейтинга сыграл 31 матч за клуб и забил первый гол в составе «ирисок» (в ворота «Бирмингем Сити»). По итогам следующего сезона Хейтинга провёл 38 игр за ливерпульский клуб и был признан игроком год.
В сборной
Хорошая игра Хейтинги в 2004 году не осталась без внимания тренера национальной сборной Нидерландов Дика Адвоката. Футболиста, ранее выступавшего за молодёжные голландские сборные, пригласили в основную сборную, где он дебютировал 18 февраля 2004 года в товарищеской встрече со сборной США. В том же году Джон принял участие в чемпионате Европы 2004 года, проходившем в Португалии. Команде Нидерландов удалось дойти до полуфинала, а Хейтинга сыграл в трёх играх из пяти.
Летом 2006 года поехал в составе национальной сборной на чемпионат мира в Германии, где он принял участие в трёх матчах из четырёх. В 2008 году вместе со сборной поехал на Евро 2008.
В 2010 году был вызван в сборную для участия в чемпионате мира в ЮАР. Сборная Нидерландов дошла до финала, а Хейтинга принял участие в каждом матче команды и забил 1 гол. В финале был удалён с поля на 19 минуте дополнительного времени игры[4], после чего его сборная пропустила единственный гол в матче и уступила со счётом 0:1.
26 мая 2012 года стало известно, что Хейтинга в составе сборной отправится на Евро 2012[5]. На турнире Хейтинга принял участие в двух играх сборной, которая завершила своё выступление на групповой стадии.