Клубная карьера
Престон Норт Энд (2000—2011)
Будучи воспитанником клуба «Престон Норт Энд», Лонерган провёл здесь 11 лет своей карьеры. По итогам сезона 2010—2011 «Престон Норт Энд» покинул «Чемпионшип» и Энди начал искать варианты для продолжения своей карьеры.
Лидс Юнайтед (2011 — 2012)
4 июля 2011 года Энди перешел в «Лидс Юнайтед» из клуба «Престон Норт Энд», в котором удостоился звания лучшего игрока в сезона 2009-10. Всего за «белоснежных» провел более 200 матчей. Ему предстояло заменить проданного в «Лестер Сити» голкипера Каспера Шмейхеля. Перейдя в команду, стал безоговорочным «номером 1» в рамке ворот.
Болтон Уондерерс (2012 — настоящее время)
17 июля 2012 года Энди Лонерган, уступив в воротах новичку Пэдди Кенни, перешёл в «Болтон Уондерерс», заключив контракт на 3 года.
Интересные факты
2 октября 2004 года, на 39-й минуте в матче против «Лестер Сити» Лонерган забил гол из своей штрафной площади , тем самым сраняв счет. Игра закончилась со счетом 1:1.